HYDRA có mặt trong X-Men: Evolution. Trong các tập "X-23" và "Target X", họ đứng đằng sau việc tạo ra X-23 từ ADN của Wolverine, trong đó Viper là thủ lĩnh HYDRA tối cao còn Omega Red và Gauntlet đóng vai lính đánh thuê cho HYDRA.
HYDRA có mặt trong The Avengers: Earth's Mightiest Heroes. Họ xuất hiện lần đầu trong tập "Meet Captain America" như một chi nhánh của Đức Quốc xã dưới sự cai trị của Baron Heinrich Zemo còn Red Skull là lính siêu cấp của HYDRA.[22] Trong tập "Iron Man is Born", HYDRA đánh cắp công nghệ của Stark Industries để cải tiến các robot Dreadnought và chuẩn bị cho cuộc tấn công Liên Hiệp Quốc, tuy nhiên đã bị Người Sát ngăn chặn. Trong tập "Hulk vs the World", Black Widow là điệp viên hai mang của HYDRA và đánh cắp ADN của Hulk và biến Hawkeye thành điệp viên hai mang. Trong tập "Panther's Prey", Grim Reaper và HYDRA lấy được Vibranium của Man-Ape và Ulysses Klaw khi Man-Ape lên nắm quyền tại Wakanda. Trong tập "Widow's Sting", Grim Reaper và HYDRA gặp MODOK và A.I.M. để thương lượng về việc chế tạo Cosmic Cube, tuy nhiên đã bị Hawkeye ngăn chặn khi đang tìm kiếm Black Widow. Trong tập "Hail HYDRA", HYDRA và A.I.M. đánh nhau để tranh giành Cosmic Cube buộc Avengers phải can thiệp. Black Widow hóa ra là điệp viên hai mang thâm nhập vào hàng ngũ HYDRA để tìm hiểu về Cosmic Cube.
HYDRA xuất hiện trong The Super Hero Squad Show. Trong tập "Brouhaha at the World's Bottom", Baron Strucker cầm đầu lực lượng HYDRA tấn công S.H.I.E.L.D. ở Nam Cực nhằm chiếm đoạt công nghệ ở đây và bước vào một thế giới mới.
HYDRA có mặt trong Agents of S.H.I.E.L.D., một series truyền hình lấy bối cảnh trong Vũ trụ Điện ảnh Marvel. HYDRA bắt đầu xuất hiện từ giữa mùa 1 (có liên hệ với phim Captain America: The Winter Soldier). Ở mùa hai, giám đốc mới của S.H.I.E.L.D., Phil Coulson cố gắng tìm cách tiêu diệt HYDRA. Mùa ba mô tả lại lịch sử của HYDRA, cho biết tổ chức này là một hội tôn giáo cổ đại đứng đầu là một Inhuman mang tên Hive còn tổ chức theo chủ nghĩa Quốc xã hiện nay là hóa thân gần nhất của nhóm này.
HYDRA xuất hiện trong phim hoạt hình Ultimate Avengers 2 với nhiệm vụ chống lại Captain America.
HYDRA xuất hiện trong Heroes United: Iron Man and Hulk. Các nhà khoa học của HYDRA là tiến sĩ Cruler và tiến sĩ Fump thuê Abomination bắt Hulk về làm thí nghiệm. Sau đó họ lại quay sang sử dụng Abomination trong chính thí nghiệm của mình.
HYDRA là một nhân tố quan trọng trong Vũ trụ Điện ảnh Marvel (MCU). Họ không tin tưởng vào sự tự do của nhân loại và buộc nhân loại phải phục tùng họ. Khẩu hiệu của tổ chức này trong MCU được rút gọn và sửa đổi thành: "Chặt một đầu, hai đầu khác sẽ thay thế! HYDRA muôn năm!"
HYDRA xuất hiện lần đầu trong Captain America: Kẻ báo thù đầu tiên (2011) dưới sự chỉ huy của Red Skull, người ban đầu làm việc trong bộ phận khoa học của Đức Quốc xã. Sau khi đoạt được Tesseract, Red Skull phản bội Đức Quốc xã sau khi liên tiếp bị quân Đồng Minh đánh bại, đồng thời sai tiến sĩ Arnim Zola sản xuất hàng loạt vũ khí sử dụng năng lượng của khối Tesseract. Red Skull bị lưu đày qua một cổng không gian sau khi chạm vào Tesseract, còn Zola bị bắt và các căn cứ của HYDRA bị lực lượng Howling Commando do Steve Rogers (Captain America) đứng đầu phá hủy.
Trong The Avengers (2012), S.H.I.E.L.D. thu thập mọi thứ liên quan tới Tesseract (khi đó đang nằm trong tay của Loki), trong đó có công nghệ của HYDRA, cũng để sản xuất hàng loạt vũ khí sử dụng năng lượng của khối Tesseract. Kế hoạch này về sau bị hủy để nhường chỗ cho việc thành lập nhóm Avengers. Sau khi bị đánh bại, Loki bị Thor đưa về Asgard cùng khối Tesseract.
HYDRA trở lại trong Captain America: The Winter Soldier (2014) mặc dù tổ chức này có vẻ như đã tan rã. Khi S.H.I.E.L.D. được thành lập, Arnim Zola tận dụng việc mình được tuyển vào tổ chức này để hồi sinh HYDRA từ bên trong, bí mật gây ra các cuộc xung đột, thậm chí tẩy não bạn thân còn sống của Rogers là Bucky Barnes thành Chiến binh Mùa đông rồi sai anh gây ra hàng chục vụ ám sát. Sau khi Zola chết bệnh và được cấy ý thức vào trong máy tính, quyền chỉ huy HYDRA được giao cho một thành viên của S.H.I.E.L.D. là Alexander Pierce. Khi Nick Fury và Hội đồng An ninh Thế giới quyết định thực hiện "Project: Insight", HYDRA bí mật lên kế hoạch sử dụng lợi thế của mình nhằm loại bỏ mọi đe dọa nhắm vào chúng. Captain America, Black Widow, Fury và Falcon phát hiện ra và phơi bày kế hoạch này ra thế giới, giết chết Pierce và làm phá sản Project: Insight.
Trong Avengers: Đế chế Ultron, một nhánh của HYDRA dưới trướng của Baron Strucker và tiến sĩ List sử dụng cây quyền trượng mà Loki lấy của Thanos để tạo ra nhiều loại vũ khí và siêu nhân như Quicksilver và Scarlet Witch. Trong cuộc tấn công của Avengers vào sào huyệt của Strucker ở Sokovia, tiến sĩ List bị Người Sắt tiêu diệt còn Strucker bị Avengers bắt sống nhưng cuối cùng vẫn bị Ultron thủ tiêu.
HYDRA xuất hiện trong Captain America: Civil War. Nội dung phim cho biết Vasily Karpov, một sĩ quan Liên Xô làm việc cho HYDRA, đã ra lệnh cho Chiến binh Mùa đông Bucky Barnes ám sát vợ chồng Howard và Maria Stark rồi dàn dựng thành tai nạn để đánh cắp năm mẫu huyết thanh siêu chiến binh trên xe của họ. Karpov sau đó giám sát việc tiêm những huyết thanh này cho đội sát thủ hàng đầu của HYDRA để tạo ra năm chiến binh mùa đông nữa tại một căn cứ ở Xibia. Những tên này mạnh hơn nhưng tâm trí bất ổn hơn Barnes, vậy nên chúng bị giam vào buồng ngủ đông rồi bị bỏ quên hàng chục năm. Helmut Zemo thẩm vấn và thủ tiêu Karpov để chiếm quyển sách điều khiển Chiến binh Mùa đông. Tìm được căn cứ ở Xibia sau khi ép Barnes khai ra bằng quyển sách, hắn giết cả năm Chiến binh Mùa đông đang ngủ và lấy đi cuộn băng ghi lại vụ ám sát Howard và Maria để chuẩn bị cho âm mưu chia rẽ nhóm Avengers, mà cụ thể hơn là giữa Tony Stark và Steve Rogers vì Rogers vẫn đang giấu Stark sự thật về cái chết của bố mẹ mình.
HYDRA trở lại trong Avengers: Hồi kết, khi nhóm Avengers du hành thời gian để mượn các viên đá vô cực từ quá khứ. Sau trận New York năm 2012, cây trượng được giao cho đội S.T.R.I.K.E. và Jasper Sitwell, mà nhóm Avengers khi đó chưa biết chúng là gián điệp của HYDRA. Rogers phiên bản năm 2023 dụ được chúng cho mình mượn cây trượng bằng lời thì thầm: "HYDRA muôn năm." Bộ phim còn tiết lộ nhóm Avengers năm 2012 phải rất vất vả để buộc Pierce và các nhân vật chóp bu khác từ bỏ khối Tesseract sau hàng chục năm sử dụng.
HYDRA xuất hiện trong Marvel: Avengers Alliance.[cần dẫn nguồn] Các thành viên gồm có Baron Helmut Zemo, Moonstone, Viper, và nhóm HYDRA Four. Các Power Armor của HYDRA đóng vai trò là boss và được tạo ra từ công nghệ ăn cắp của Stark Industries. Lính của họ gồm HYDRA Ballista, HYDRA Burner, HYDRA Cannon, HYDRA Judicator, HYDRA Officer, HYDRA Pyro, HYDRA Soldier và HYDRA Vanguard.
HYDRA xuất hiện trong Avengers Initiative với tư cách là kẻ thù trong các màn có sự xuất hiện của Captain America.[24]
